Sam Witwicky odchází na vysokou školu, kde hodlá v klidu studovat. Znamená to i dočasné odloučení od jeho lásky Mikaely. Jenže v té době se podaří Deceptikonům osvobodit Megatrona z jeho vězení na dně moře a společně s ním na radu vůdce Deceptikonů, pradávného Fallena, začínají svůj boj proti Autobotům a s nimi spojeným lidem. Megatronovi se podaří zničit Optima Prima (vůdce Autobotů) a na radu Fallena pátrá po Samovi a přitom ničí lidská města. Sam se totiž dotknul posledního kousku legendární materie a teď se mu v mozku promítají symboly, které mohou Fallena a jeho bandu dovést k dávnému stroji, kterým vytěží ze Země pro ně potřebný energon.