Píše se rok 1938 a Indiana Jones působí jako učitel archeologie na univerzitě. Jednoho dne se setká s podnikatelem a milovníkem umění, Walterem Donovanem, který mu oznámí, že při hledání Svatého grálu se ztratil jeho otec. Indiana Jones se ihned vydává na místo posledního působení otce, do Benátek. Tady se setkává s německou doktorkou Elsou, která ho přivede do místní knihovny, kde se otec Indiany ztratil. Indiana zde velmi brzy najde hrobku rytíře z první křížové výpravy (knihovna je ve skutečnosti starým kostelem) a v ní další stopu, která má hledače přivést k místu, kde je kdesi v poušti schován Svatý grál. To už však Indianu a Elsu pronásledují neznámí útočníci. Indiana se jich zbaví a od posledního z nich se dozví, že se jedná o strážce Svatého grálu. Další informaci, kterou od strážce grálu Indiana získá, je místo, kde je nacisty držen archeologův otec.